GAINAX的前身是于1981年早期成立的Daicon Film，后于1984年12月更名为GAINAX。1985年，GAINAX开始制作第一套动画长片《王立宇宙军》，该作品于1987年3月进行公映。
其后GAINAX以颠覆传统的动画类型和实验动画而闻名。1990年，GAINAX一度因作品过多而出现了严重负荷和预算问题，曾因限制动画格数等事件而声名狼藉；管理层随后决定参与更多统包和外判工作，亦开始了游戏和商品方面的自主业务。
1992年，因与其他公司合并规模扩大。部分GAINAX创立成员带着部分社员离开GAINAX，创立GONZO，只保留部头合约关系。GAINAX社长冈田斗司夫亦在同年退社，新任社长为山贺博之。公司方针以后没有大变，但亦开始随业界趋势改编漫画作品。
与业界不同的是，GAINAX亦让部分动画师尝试多个职位，动画师同时染指剧本、分镜和作画监督的情况时常出现。另外不少作品因主要成员的兴趣而加入大量的戏仿或致敬，曾因此被人称为“御宅公司”。早期不少作品亦不忌讳加入大量直接或间接的性暗示、宗教符号、哲学探讨等。在《天元突破》之前的所有作品都会直接画出女性乳头（不过天元随后在剧场版中补回）
1995年，GAINAX创作了《新世纪福音战士》，本作引来了广泛的社会效应，直到很长一段时间内本作品的周边商品依然是公司主要收入来源。EVA圈钱商法
2006年，监督庵野秀明等公司元老退出GAINAX，领头成立了动画公司Khara，并且带走了《新世纪福音战士》系列的版权。
2011年8月，GAINAX再一次出现较大规模的成员脱离，演出家大冢雅彦、监督今石洋之、制作人舛本和也三人宣布独立并创立TRIGGER，亦只保留部头合约关系。一些同时期出身的成员亦成为自由身动画师。
2015年4月，公司正式进军番茄种植业。
2019年12月5日，时任GAINAX社长卷智博，因涉嫌准强制猥亵而被逮捕（少女为同年2月报案），原因是涉及强迫声优培训签约的10多岁少女拍摄裸照，以及进行「脚部浮肿需要按摩」等理由的不当触摸，但目前卷智博否认犯行。
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