自江户时代起，就有很多关于卑弥呼到底等同于《古事记》及《日本书纪》上何人的讨论及研究。不论到底何种说法属实，可以肯定的是，这都会大幅改写现今所知的日本古代史。
天照大神说
根据天文学的计算，大约在卑弥呼过世前后，于247年3月24日和248年9月5日、北九州地区可见到两次日食。这样的说法和日本神话中天照大神躲入天岩户中，世界因而无光的记载相符合。另外以统计学的方式，利用天皇的平均在位期间推算，也可得到卑弥呼的时代和天照大神的时代重合的计算结果。
因此，松本清张和井泽元彦等人提出了卑弥呼遭暗杀的说法。当日食发生之时，代表侍奉太阳神的巫女卑弥呼的灵力消失，因而遭到邪马台国人民加以杀害。这种说法认为，卑弥呼遭暗杀后邪马台国一时陷入混乱，直到新选出下任侍奉太阳神的巫女台与才安定下来；这就是《日本书纪》中一度躲入天岩户的天照大神又重新出来的记载的来源。然而此一暗杀说基于想像的部分过多，因而亦有许多不表认同的意见。
同时，现代日语里「卑彌呼（ひみこ）」的读音和「日（ひ）巫女（みこ）」正好相同。
如果卑弥呼的确就是天照大神，那么邪马台国就必然位于九州地区。那么，位于九州的邪马台国为何又于何时东迁到畿内地区，目前则不得而知。有一说法是东迁即历史上的神武天皇东征，但尚待进一步研究。
倭迹迹日百袭媛命说
倭迹迹日百袭媛命于《日本书纪》中又称为倭迹迹姬命，古事记中则记载为夜麻登登母母曾毗卖命。
传为《日本书纪》中倭迹迹日百袭媛命的墓，箸墓古坟的后圆部直径约160米，这和《魏志倭人传》中「卑弥呼死去 卑弥呼以死 大作冢 径百余步」的记载相一致。
一直以来，对于上述论点的反驳意见，以箸墓古坟的建造年代约在三世纪末至四世纪初，和卑弥呼所在的时代不符合的说法最为有力。但是最近，使用年轮年代法来推定的考古研究，指出古坟时代的开始年代可能比目前所认为的还要提早。如此一来，上述箸墓古坟的建造年代便有可能上朔至和卑弥呼没年（248年间）相同的三世纪中期，因而使本学说再度受到注意。
倭姬命说
日本学者内藤湖南认为，卑弥呼可能是垂仁天皇的皇女倭姬命。
神功皇后说
《日本书纪·神功皇后纪》中，直接引用了《魏志倭人传》中关于卑弥呼的相关记载。然而自江户时代起，就有对于卑弥呼是否真为神功皇后的议论。按照此一学说，邪马台国必然位于之后大和王权所建立的畿内地区。
反驳意见认为，神功皇后之子应神天皇与其母一同祀于奉祀八幡神的宇佐神宫（大分县宇佐市），这与大和王权所在地相距过远（但亦有意见指出神功·应神时期大和王权和朝鲜半岛的来往增加，因而于来往航路的濑户内海沿岸设立奉祀神功皇后·应神的八幡宫并无不合理之处）。总之《日本书纪》上的相关记载，现在多被认为是作者为了将大和王权和卑弥呼连为一脉所添加的内容，不应作为史实的参考依据。
熊袭的女酋长说
本居宣长认为日本自古以来就是独立自主的国家，无法认同《魏志倭人传》上卑弥呼向魏朝贡，获封倭王等记载。宣长因而提出卑弥呼是九州南部熊袭地区的女酋长，自称倭王并和魏结交；如此就避免了天皇的先祖向中国朝贡的可能性。支持此一学说的还有鹤峰戊申、那珂通世等人，九州说即继承此学说。
卑弥呼未在日本史留名说
卑弥呼就是卑弥呼，没有明确的记载于现今可见的史书上的学说。《魏志倭人传》上所记载的倭国·邪马台国的各个事件，在日本本身的史书上全无记载。此种学说因而认为卑弥呼所统治的政权，于3世纪中期～后期之间灭绝，是故没有必要将卑弥呼及其所统治的邪马台国对应至现存之史书上。这样的学说可说是将卑弥呼·邪马台国相关的问题以比较简洁的方式加以解决；但是否有足够证据支持此一学说，则尚待以后研究。然而掌权者操控「历史」之记载并非不可能，因此即使并无可见史书之记载，亦无法说明真无此人。相对于此，即使记载某人某时做了某事也未必真实。
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