——「你，在那里吗？」
一个与世无争的乡下小岛•龙宫岛上，居民们和平的过着每天的生活。
但是虚伪的和平却突然间被打破了。
从天降临的黄色光辉，以人类的语言质问着对方的同时，却将岛上的一切扯入黑色深渊中消失。
在此同时，生活在岛上的真壁一骑被同学皆城总士给带到地下，
他这才知道这座龙宫岛其实是人类建造出来的要塞。
而为了保护要塞，他必须驾驶岛上的大人们建造出来，
唯一能够对付敌人「异界体（Festum）」的巨大机器人「法芙娜（Fafner）」——
前传「Right of Left」
- 在“苍穹之法芙娜”本篇（第一季）的一年前，不断隐匿自己从而躲避人类军和异界体（Festum）的追击的龙宫岛，即将遇上被Festum发现的危机。
- 尚未准备好战斗准备的龙宫岛，为了避过被Festum发现的危机而决定展开“L计划”，将岛的一部分、亚尔维斯的左翼部分“L区域”分离并开展为期2个月的远航，让敌人误以为该处是龙宫岛，从而保护本岛。
- 就这样，将陵僚及生驹祐未等8名少男少女，乘上“L区域”，并驾驶着对Festum兵器“Fafner Titan-model”投身于与Festum的战争中……
第一季（无印）
- 在一座落于太平洋的孤岛“龙宫岛”上，岛上的少年们在好奇心的驱使之下转开收音机，听到了未知者发出的声音：“你，在那里吗？（あなたはそこにいますか……）”。
- 在数年后的西历2146年，龙宫岛再次响起那把声音。有着金色外表、由硅所构成的未知生命“异界体（Festum）”袭击了龙宫岛，一口气摧毁了眼前的和平。
- 真壁一骑是个生长在日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的。但当Festum开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。
- 为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法芙娜（Fafner）和Festum战斗──在激战的彼端，等待着他的是……
剧场版「HEAVEN AND EARTH」
- 在北极的“苍穹”作战的2年后，龙宫岛恢复至平和的日子，直至一艘属于人类军的军舰冲上龙宫岛的岸边、一骑等人发现舰上有一名沉睡的男孩后，导致他们再一次战斗……
第二季「EXODUS」
- 西历2150年，在4年前的“第一次苍穹作战”后，“异界体（Festum）”依然残酷的摧残着人类仅存的生活圈。在当时，夏威夷生存圈正遭受Festum攻击，正当负责守卫及支援基地的人类军仍顽强扺抗之际，新联合国总部却发出“交战规定α”，以数枚核弹将基地以及其所在岛屿摧毁，但出现在该处的阿撒谢尔型Festum却未受太严重的伤害。
- 在之后的一年，再次隐匿于世界中的龙宫岛出现“状况”。过去曾几度袭击岛屿的人类军再次出现，且传来救援讯号，而率领部队的纳雷因将军却无敌意，并表明希望让双方的“希望”见面……
第三季「THE BEYOND」
- 第4次“苍穹作战”结束，第一Alvis移居海神岛的2年后。从斯利那加生存圈移民中幸存的“世界语者（Esperanto）”马里斯·埃塞尔西亚，从岛上带走了重塑的初号机（Mk.Eins)和两名驾驶员候补，以及重生的皆城总士，去往了“普罗米修斯”星核一方。为了夺回被掳走的同胞，海神岛紧急发动第5次“苍穹作战”，但却被意想不到的敌人伏击而宣告失败，只能眼睁睁看着马里斯等人逃走。
- 在那之后3年。在“龙宫岛”上长大的皆城总士，再一次打开了收音机，为了知道世界的真相而寻求着对外界的对话……
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